En esta etapa se llevan a cabo todas las acciones planificadas en la etapa de diseño. El desarrollo de de un microproyecto involucra varios momentos. Un primer momento es el de apresto, donde se realizan todos los preparativos para poner en marcha el microproyecto, por ejemplo, recolectar el material requerido, implementar y preparar los espacios, informar a los ejecutores, identificar apoyos en la comunidad escolar y fuera de ella, distribuir roles, etc. Enseguida se desarrollan todas las actividades de conducción, coordinación de acciones y control que permitirán aplicar la planificación establecida en el diseño. Durante la ejecución del microproyecto se realiza una evaluación de las etapas desarrolladas para verificar su cumplimiento, resolver problemas o hacer modificaciones a la plainficación si es necesario.